Tietokone ei hevin pyöri ilman käyttöjärjestelmää, joka on muiden ohjelmien toiminnan kannalta keskeinen ohjelmisto. Käyttöjärjestelmän valinta on puhdas makuasia, sillä käytännössä valmistajasta riippumatta ne kaikki suorittavat samat tehtävät: laitteiston, tiedostojärjestelmän, muistin ja prosessien sekä verkkoprotokollien hallinnan. Käyttöjärjestelmä on kuitenkin erittäin oleellinen tietokoneeseen liitettyjen laitteiden käytön kannalta, sillä ilman käyttöjärjestelmää tietokone ei tunnistaisi oheislaitteita lainkaan. Käyttöjärjestelmä toimii käytössä olevien sovellusohjelmien, esimerkiksi tekstinkäsittelyohjelmien alustana.Käyttöjärjestelmät eroavat käyttötarkoituksiltaan. Esimerkiksi Linux on avoimeen lähdekoodiin perustuva käyttöjärjestelmä, eli ohjelmakehittäjät voivat vapaasti muokata sitä. Se, että tuhannet ohjelmoijat kaikkialta maailmasta ovat olleet mukana kehittämässä Linuxia, tekee siitä luultavasti maailman testatuimman käyttöjärjestelmän. Samoin kuin Windowsiin, on myös Linuxiin saatavilla monia ilmaisohjelmia vaikkapa kuvankäsittelyyn liittyen. Kenties vastavetona Linuxin helpolle saatavuudelle, Windows on ilmoittanut seuraavan päivitetyn käyttöjärjestelmäversion Windows 10 olevan ilmainen Windows 7 tai 8.1 -järjestelmien omistajille.Windows pitää jalustaa kotitietokoneiden yleisimpänä käyttöjärjestelmänä, ja siitä, kuten muistakin järjestelmistä, on olemassa useita versioita. Tietokoneen merkki voi kuitenkin joskus asettaa rajoituksia käyttöjärjestelmän valitsemiselle, sillä esimerkiksi Applen Mac-tietokoneissa on oma käyttöjärjestelmänsä OS X, joka ei tue täysin samoja ohjelmia kuin muut koneet. Macit ovat kuitenkin korkeahkosta hinnastaan huolimatta suosittuja ja OS X tunnetaan nopeana ja helposti omaksuttavana käyttöjärjestelmänä.