Linux ja Windows asetetaan usein toistensa vastakohdiksi. Näin ei kuitenkaan tarvitse tehdä, sillä Linux voi pyörittää joitakin Windowsin ohjelmistoja tai peräti kokonaista Windowsia. Tämän lisäksi monissa käyttöjärjestelmissä on itsessään jonkinlainen emulaattori, joka mahdollistaa ohjelmien muunlaisella käyttöjärjestelmällä kuin mille ne on alun perin tarkoitettu. Emulaattorit mahdollistavat myös vanhempien ohjelmien käytön uudella järjestelmällä. Myöskään pelaajien ei kannata huolestua, sillä Windowsin pelejä voi myös pelata Linuxilla. Asiasta lisää artikkelissamme ‘Pelit Linuxilla’.Yleisin tapa on käyttää Windowsin ohjelmia niin kutsutun Wine-yhteensopivuusrajapinnan kautta. Tämä avoimen lähdekoodin sovellus mahdollistaa Microsoft Windowsille kirjoitettujen ohjelmien käyttämisen Unixin kaltaisissa käyttöjärjestelmissä. Toinen vaihtoehto on luoda erillinen virtuaalikone, jonka sisään voi asentaa kokonaisen ja täysin normaalisti toimivan Windows-paketin. Kolmas keino lienee yksinkertaisin, eli pitää Windowsia ja Linuxia samalla koneella, jolloin koneessa on kaksi rinnakkain toimivaa käyttöjärjestelmää jaetulla kovalevyllä. Näin tietokoneen käynnistyessä käyttäjän tulee valita, kumman käyttöjärjestelmän tämä haluaa käynnistää, sillä molemmat eivät voi olla päällä samanaikaisesti. Näillä kolmella tavalla kaupallisia ohjelmistoja voidaan käyttää, vaikka koneen käyttöjärjestelmänä olisikin ideologisempi Linux.